A cevada utilizada na Pilsner Urquell é adquirida de produtores da Boêmia e da Morávia e maltada pela própria cervejaria, em malteria instalada no complexo de Plzeň - uma das raras grandes cervejarias do mundo a controlar integralmente essa etapa. O malte resultante, de baixo grau de modificação (cerca de 60 a 75% de modificação, com germinação de apenas cinco dias), exige um processo de mosturação intensivo para que o amido se torne plenamente acessível às enzimas: a tripla decocção.
A mosturação começa com a mistura do malte moído à água de baixa mineralização de Plzeň. Na tripla decocção, porções mais espessas dessa mistura são retiradas em três momentos ao longo de mais de quatro horas, fervidas separadamente em caldeiras de cobre de aquecimento direto à chama - equipadas com correntes de cobre que raspam o fundo para evitar a queima dos açúcares - e devolvidas ao tanque principal, elevando a temperatura em etapas. A sequência parte de um repouso ácido a 35 °C, passa pela quebra de proteínas em torno de 53 °C, pela conversão de amido a 62 °C e termina com o mash-out a 73 °C. Essa caramelização controlada é responsável pela leve coloração âmbar, pela doçura residual e pela estrutura que sustentam uma cerveja de apenas 4,4% ABV.
Concluída a mosturação, o mosto é separado das cascas e dos demais resíduos sólidos do malte e, em seguida, fervido por cerca de duas horas com lúpulo Saaz inteiro, em três adições: a primeira ainda antes do início completo da fervura (first wort hopping), a segunda cerca de 80 minutos antes do final e a terceira 25 minutos antes do término, atingindo aproximadamente 40 IBU.
Resfriado por trocadores de calor, o mosto é transferido para fermentadores cilindrocônicos fechados de aço inoxidável, com capacidade de 1.800 hL cada. A levedura própria da cervejaria, conhecida como cepa H, é inoculada a 4 °C em quantidade de aproximadamente 15 milhões de células por mililitro. A fermentação primária, não pressurizada, dura cerca de 11 dias, com temperatura máxima controlada em torno de 9 °C. Concluída essa fase, a cerveja jovem de diferentes fermentadores é reunida e transferida para tanques de aço inoxidável de 3.300 hL para o lagering, que se estende por 35 a 40 dias. Ao final, a cerveja passa por filtração com terra diatomácea e é envasada e pasteurizada.
Em paralelo, a cervejaria mantém o chamado parallel brewing: uma pequena fração da produção é fermentada e maturada da maneira original, em fermentadores abertos e barris de carvalho nos túneis de arenito escavados sob a cervejaria, onde a temperatura se mantém naturalmente entre 5 °C e 7 °C. Essa produção, não filtrada e não pasteurizada, serve de referência sensorial para verificar se o processo moderno preserva o sabor característico da Pilsner Urquell.
